(1) Ekipman seçimi. Farmasötik ekipman seçiminde, deneyime dayalı seçim (gerçek hesaplama yapılmadan veya yetersiz veri hesaplaması), ilerlemenin körü körüne takip edilmesi ve fiziksel verilerin yetersiz araştırılması gibi bazı sorunlar vardır ve bunlar ekipmanın uygulanabilirliğini ve ekonomisini ciddi şekilde etkiler.

(2) Ekipman kurulumu ve eğitimi. İlaç endüstrisi ekipman kurulum sürecinde, inşaat kalitesi göz ardı edilerek genellikle inşaat süreci dikkate alınmakta ve bu da ilerleyen dönemde ekipman bakım maliyetlerinin artmasına neden olmaktadır. Ayrıca, ekipman bakım ve operasyon personeli için yetersiz eğitim, ilaç endüstrisi ekipman yönetimi ve bakımı için de riskler oluşturmaktadır.

(3) Bilgi yönetimi ve bakımına yetersiz yatırım. Günümüzde birçok işletme ekipman yönetimi ve bakımına, ekipman bakım kayıtlarının yönetimine ve temel parametrelerin kaydına büyük önem verse de, bazı sorunlar hala mevcut; örneğin sürekli bakım verilerinin sağlanması zor, spesifikasyonlar, çizimler vb. gibi etkili farmasötik ekipman spesifikasyon bilgilerinin eksikliği gibi. Bu görünmezlik, ekipman yönetimi, bakımı ve yeniden inşasının zorluğunu artırıyor.

(4) Yönetim sistemi. Etkili bir yönetim sistemi ve yöntemlerinin bulunmaması, farmasötik ekipman bakım personelinin yönetiminin yetersiz kalmasına, bakım personelinin standart dışı çalışmasına, farmasötik ekipman yönetimi ve bakım sürecinin güvenlik açısından gizli tehlikeler bırakmasına neden olmaktadır.