(1) ekipman seçimi. İlaç ekipmanı seçiminde, deneyime dayalı seçim (gerçek hesaplama yapılmadan veya yetersiz veri hesaplaması), körü körüne ilerlemenin peşinde koşma ve fiziksel verilerin yetersiz incelenmesi gibi bazı sorunlar vardır; bunlar ekipmanın uygulanabilirliğini ve ekonomikliğini ciddi şekilde etkiler.

(2) ekipman kurulumu ve eğitimi. İlaç ekipmanı kurulumu sürecinde, inşaat kalitesi göz ardı edilerek genellikle inşaat ilerlemesine dikkat edilir; bu da daha sonraki dönemde ekipman bakım maliyetlerinin artmasına yol açar. Ayrıca, ekipman bakım ve işletme personelinin yetersiz eğitimi de ilaç ekipmanı yönetimi ve bakımı açısından risk oluşturmaktadır.

(3) Bilgilendirmenin yönetimi ve bakımına yetersiz yatırım. Günümüzde birçok işletme ekipman yönetimi ve bakımına, ekipman bakım kayıtlarının yönetimine ve temel parametrelerin kaydedilmesine büyük önem verse de, sürekli bakım verilerinin sağlanmasının zorluğu, spesifikasyonlar, çizimler vb. gibi etkili ilaç ekipmanı spesifikasyon bilgilerinin eksikliği gibi bazı sorunlar hala mevcuttur; bu görünmez durum, ekipman yönetimi, bakımı ve yeniden yapılandırılmasının zorluğunu artırmaktadır.

(4) Yönetim sistemi. Etkin bir yönetim sistemi ve yöntemlerinin olmaması, ilaç ekipmanı bakım personelinin yönetiminin yetersiz olmasına, bakım personelinin çalışmalarının standartlaştırılmamasına ve ilaç ekipmanı yönetim ve bakım sürecinin güvenlik açısından gizli tehlikeler içermesine neden olmaktadır.